第一次星际大战结束，紧接着，莫甘娜发动了第二次星际大战，并请求卡尔的同盟。莫甘娜：“卡尔，这么爽快就答应了，有什么阴谋吧。”卡尔：“哼，单纯的同盟罢了。”莫甘娜：“希望如此。”莫甘娜和卡尔各自带领舰队，攻击天使和亚天使。由于卡尔的虚空引擎的配置，天使族惨败。凯莎：“寒月女王，怎么办。”寒月：“拼了。”寒月从王位上起来，召唤出银翼，冲入敌群。凯莎：“夏敏，支援！”凯莎和夏敏也冲了进去。凯莎努力的挡住攻击，并保护寒月，但凯莎被虚空战士重伤，夏敏在与嗜皞的决斗中阵亡，寒月与莫甘娜的决斗中，虚空战士突然出现，击溃并杀死了寒月，天使们受到王陨落的影响，战斗力大幅下降，纷纷败退。亚天使一方，炎决陨落，与天使一样，惨败。莫甘娜与卡尔汇合，想彻底摧毁天使之城。关键时刻，基兰出现，拯救了天使族。卡尔和莫甘娜撤退会死歌书院和堕落星。
　　战斗结束后，凯莎继承天使之王，萨克斯继承亚天使之王。凯莎：“我，凯莎，以正义之名接管天使之城，我会带领大家走向复兴之路。”众天使：“万岁。”凯莎：“但这之前，我不希望看到男性还留在我们的天使之城，把他们赶出去！”此时天使们要以恨透了亚天使纷纷起兵驱逐亚天使，亚天使被迫退守翼神星系。萨克斯在翼神星继承王位带领亚天使隐居于世，不再露面。
　　又过了大约两万年，凯莎的神权已经巩固，天使之城秩序恢复到战前水平。由于与基兰的理念发生了冲突，凯莎将超神学院驱逐出天使星云。凯莎和天使的科学家们发明了次生物引擎，以对付卡尔的虚空引擎。
　　辰为凯莎的左翼护卫，幻为右翼护卫。不久前，新进阶为高阶天使的冷和云烟也担任了凯莎的左右护卫职务。天使星云恢复到繁荣景象，准备着再一次恶魔的决斗。
　　天使之城中，凯莎在给云烟分配任务。凯莎：“云烟，我命你为天使之城训练场主教官，训练刚诞生的天使。”云烟：“遵命。”凯莎转过头对辰说：“辰，你帮我多留意一下，我能感应到她来了。”辰：“谁？”凯莎：“我的继承人，天使之翼超级基因的拥有者。”辰：“是！”
　　翼神星。萨克斯找到了自己的继承人，天使之魂超级基因的继承者，轩，并收轩为义子，用来辅佐他成就霸业。但轩非常反感父亲的集权统治，这让萨克斯很不满。
　　超神学院处，基兰启动了银河之力，太阳之光，诺星战神三大造神工程。吴老师又依据华夏神话造了一个三代战士，斗战胜佛孙悟空，并提前释放到地球，守护哪里的一草一木。
　　莫甘娜与卡尔的联系日益密切，并且有了新的目标，地球。所以，莫甘娜筹划着一场阴谋，准备进攻地球，而卡尔的阴谋则更加巨大。
　　【公告】
　　《天使纪元文明》第一季_前置剧情在第十章后将会结束，以天使彦为核心人物的剧情即将到来。